Геномика — новая нефть. Узнайте, как ее добывать 23 октября в секции NGS-секвенирование на МК Диаэм!

PolyseqOne — это портативная система нанопорового секвенирования средней производительности, позволяющая проводить анализ в режиме реального времени. Компания Polyseq Biotechnology разработала собственные нанопоровые белки, наборы для подготовки библиотек и секвенирования, конструкцию чипа, программную инженерию и алгоритмы глубокого обучения.

Нанопоровые белки закреплены на полимерной мембране, которая окружена электролитным раствором с обеих сторон. Ионы электролита проходят через нанопору, создавая постоянный электрический ток. Молекулы ДНК или РНК обладают электрическим зарядом, и под действием электрического поля одноцепочечные молекулы проходят через нанопору от отрицательно заряженной стороны (cis) к положительно заряженной (trans). Поскольку размер и заряд нуклеотидов различаются, ток через пору изменяется (возникают флуктуации). Эти колебания регистрируются и с помощью распознавания паттернов преобразуются в последовательность ДНК.

Основные применения нанопорового секвенатора Polyseq One

• Полногеномное секвенирование (WGS). Например, прочтение от теломеры к теломере (T2T), включая сложные регионы (повторы, центромеры).
• Структурные вариации. Детекция крупных делеций, инверсий, дупликаций.
• Прямое секвенирование РНК.
• Выявление редких транскриптов и клеточных субпопуляций.
• Сборка полных геномов бактерий из сложных образцов.
• Разделение метагеномных данных на отдельные геномы.
• Детекция эпигенетических изменений.
• Экологический мониторинг.
• Сборка сложных полиплоидных геномов.

Характеристики нанопорового секвенатора Polyseq One

• Точность одного прочтения, % — 97;
• длина прочтений, Kb — ≥300;
• консенсусная точность (50×), % — 99,99;
• количество пор на чипе — 2560;
• возможность использовать чип повторно — до 5 раз;
• скорость прочтения, нуклеотидов/с — 400;
• максимальный расчетный объем получаемых данных, Гб — 60;
• реальный объем получаемых данных, Гб — 30;
• адаптивное секвенирование;
• время работы, ч — до 96;
• наборы для подготовки библиотек, секвенирования, баркодирования;
• габаритные размеры (Ш×Г×В), мм — 180×130×80;
• вес инструмента, кг — 1,5.

Комплектация нанопорового секвенатора Polyseq One

• Cеквенатор;
• программное обеспечение на носителе;
• проточная ячейка;
• набор для построения библиотек;
• монтаж, пуско-наладка, инструктаж персонала на рабочем месте;
• гарантийное обслуживание 12 месяцев (возможна покупка дополнительной гарантии).