Система препаративного электрофореза для разделения и выделения только фрагментов ДНК размером от 50 до 8000 п.о.; детекция фракций осуществляется без использования УФ, что гарантирует отсутствие повреждения фрагментов.
Технические характеристики:
-
Одновременный прогон до 5 образцов;
-
напряжение при электрофорезе, В - 100 или 150;
-
ток (на каждую дорожку), мА - 2;
-
длина волны возбуждения, нм – 535;
-
длина детекции, нм – 640;
-
максимальная нагрузка фрагментированной геномной ДНК на дорожку, мкг — 5;
-
минимальная нагрузка фрагментированной геномной ДНК на дорожку, нг — 15;
-
размер ДНК - 100 bp - 1.5 kb;
-
точность выделения, % - > 93;
-
воспроизводимость выделения, % - > 92;
-
минимальное распределение по размерам, % - 8;
-
выход образца, % - 50-80;
-
габариты, ШхГхВ, см - 18x28x53;
-
вес, кг - 7.
Принцип работы:
В системе используются готовые кассеты на пять изолированных капилляров, заполненных агарозным гелем. В конце каждого капилляра есть Y-образное разветвление. Оба выходящих капилляра имеют независимое подключение к катодам. Движение фрагментов ДНК в капилляре как и в «классической» методике происходит под действием тока, но при приближении фрагментов ДНК требуемого размера к месту разветвления, происходит переключение катодов, и искомый фрагмент попадает в боковое ответвление капилляра и собирается в канале для сборки.
Преимущества метода:
- за один сеанс система может работать параллельно с 4 образцами + 1 внешний стандарт или с 5 образцами при использовании внутреннего стандарта; время подготовки - 3 минуты, время проведения самой процедуры – 50-100 мин в зависимости от размеров фрагментов;
- благодаря готовым гелевым чипам достигается максимальная воспроизводимость экстракции и, как следствие, более точный результат секвенирования;
- каналы, в которых идёт разгонка, полностью изолированы друг от друга, что снижает риск перекрёстной контаминации;
- отбор осуществляется, автоматически в соответствии с заданным через ПО диапазоном длин фрагментов, что может использоваться для секвенирования спаренных концов.
Области применения:
- приготовление библиотек при проведении NGS;
- подготовка образцов для парноконцевого секвенирования, ChIP-секвенирования;
- улучшение библиотек при проведении эмульсионной ПЦР;
- выделение белков и НК.
Характеристики картриджей:
|
|
0,75% агарозные картриджи BluePippin
|
0,75% агарозные картриджи PippinPrep
|
1,5% агарозные картриджи
|
2% агарозные картриджи
|
3% агарозные картриджи
|
|
Количество образцов
|
4
|
4
|
4
|
4
|
4
|
|
Диапазон размеров НК
|
1000-50000 п.о.
|
2000-8000 п.о.
|
180-1500 п.о.
|
100 – 600 п.о.
|
50 – 200 п.о.
|
|
Точность детекции, %
|
± 5 (с интеркалирующим красителем)
± 10 (без красителя)
|
± 5 (с интеркалирующим красителем)
± 10 (без красителя)
|
± 5 (с интеркалирующим красителем)
± 10 (без красителя)
|
± 5 (с интеркалирующим красителем)
± 10 (без красителя)
|
± 5
|
